1993年，中国开发区协会成立，主管部门为国务院特区办公室。

　　1993年9月2日，中国开发区协会经国务院特区办和民政部批准成立，是由国家批准的经济技术开发区、高新技术开发区、保税区、边境经济合作区和省、自治区、直辖市批准的开发区、工业园区以及相关企事业单位和个人自愿组成的全国性、行业性、非营利性社会组织。

　　1998年，中国开发区协会主管部门变更为国务院经济体制改革办公室。

　　1998年3月10日，九届全国人大一次会议通过了国务院机构改革方案，原国务院特区办公室并入新组建的国务院经济体制改革办公室，中国开发区协会的主管部门随之变更为国务院经济体制改革办公室。

　　2003年，中国开发区协会主管部门变更为国家发展和改革委员会。

　　2003年3月18日，十届全国人大一次会议通过了《国务院机构改革方案》。方案中决定：将国家发展计划委员会改组为国家发展和改革委员会。国务院体改办的职能并入国家发展和改革委员会。自此，中国开发区协会主管部门变更为国家发展和改革委员会。

　　2021年，中国开发区协会正式与行政机关脱钩，党建领导机关变更为中央和国家机关工作委员会。

　　2021年1月14日，按照中央关于“积极稳妥推进行业协会商会与行政机关脱钩”的要求，中国开发区协会正式脱钩，党建领导机关从中国共产党中央委员会变更为中央和国家机关工作委员会。

　　2023年，中国开发区协会党建领导机关变更为中央社会工作部。

　　2023年3月16日，中共中央、国务院印发了《党和国家机构改革方案》，组建中央社会工作部。自此，中国开发区协会党建领导机关从中央和国家机关工作委员会变更为中央社会工作部。